Выводы группы независимых экспертов в значительной степени совпадают с ранее высказанными претензиями коллег погибшего юриста. Согласно проведённому анализу, дело против него было сфабриковано в правоохранительных органах.
Экспертизу материалов осуществили Независимый экспертно-правовой совет под руководством Мары Поляковой и Московская общественная наблюдательная комиссия, возглавляемая Валерием Борщевым. Согласно информации, предоставленной «Ведомостям», выводы этих экспертов подтверждают обвинения в адрес следователей и руководителей следственного изолятора «Матросская Тишина».
В документах для президентского совета, получивших название «Независимое расследование», отмечается, что «противоправные деяния следователей и должностных лиц сизо, где содержался Сергей Магнитский, способствовали обострению его заболевания и, в конечном итоге, его смерти».
В частности, в материалах совета указано на множественные правонарушения, допущенные на всех этапах процесса по делу Магнитского, что подтверждает серьезные недостатки в работе правоохранительных органов.