До последних дней Леонид Абалкин занимал пост научного руководителя Института экономики Российской академии наук и руководил Кафедрой социально-экономических проблем МГУ. Его имя стало широко известным в конце 80-х и начале 90-х годов, когда он возглавил правительственную комиссию, занимающуюся экономической реформой. Абалкину и его команде было поручено разработать пути перехода СССР от командно-административной экономики к рыночной модели.
В 1989 году он получил статус первого заместителя председателя Совета министров Союза, в то время как председателем был Николай Рыжков. «Леонид Абалкин был выдающимся экономистом позднесоветской эпохи», — отмечает Евгений Ясин, научный руководитель Высшей школы экономики.
В конце 90-х Абалкин покинул правительство, и после распада СССР его идеи стали менее актуальными в условиях, когда новая Россия нуждалась в более радикальных мерах для спасения экономики. В этот период он возглавил Институт экономики Российской академии наук, где оставался на посту директора около 15 лет, а затем продолжал выполнять функции научного руководителя.
До последних дней своей жизни Абалкин также руководил Кафедрой социально-экономических проблем МГУ. Свои соболезнования в связи с его кончиной выразил президент России Дмитрий Медведев, подчеркнув, что «Леонид Иванович стоял у истоков рыночных преобразований в нашей стране и пользовался заслуженным авторитетом как в отечественном, так и в международном академическом сообществе».
На данный момент информация о дате и месте похорон Леонида Абалкина не раскрыта.