По мнению представителя Московской патриархии Владимира Вигилянского, процесс должен проходить справедливо, и судье следует обратить внимание на все детали данного дела. Он отметил, что Церковь всегда призывала к милосердию, включая милосердие по отношению к преступникам, и дело Ходорковского не должно стать исключением.
Вигилянский также добавил, что священнослужители не должны давать оценки тому или иному процессу.