Доклад комиссии может быть принят следствием лишь к сведению. Для следователей ключевое значение имеют результаты официальных судебно-технических и других экспертиз. Бывший заместитель министра энергетики России Владимир Милов высказал мнение, что у Ростехнадзора нет достаточных доказательств причастности Анатолия Чубайса к аварии на Саяно-Шушенской ГЭС. Он отметил, что отчет правительственной комиссии составлен некачественно и носит политизированный характер.
Чубайс, в свою очередь, разделил выводы о технических причинах аварии, однако считает, что поступил верно, подписав Акт о вводе станции в эксплуатацию. В противном случае, по его мнению, это привело бы к катастрофическим последствиям для экономики Сибири.