Главный редактор издания New Times Евгения Альбац сообщила о проблемах с печатью журнала. В настоящее время редакция ищет другую типографию, способную обеспечить выпуск нового номера. В типографии «Пушкинская площадь» отказались комментировать свое решение, а представители группы ВТБ, владеющей типографией, отметили, что акционер не вмешивается в операционную деятельность и принятие решений менеджмента.
На протяжении своей истории журнал сталкивался с трудностями, которые редакция связывает с политическим давлением. Например, резонансная статья «Черная касса Кремля» Натальи Морарь, посвященная особенностям финансирования партий в преддверии выборов, привела к запрету на въезд молдавской журналистки в Россию. Официальная формулировка от ФСБ гласит, что Морарь представляет угрозу безопасности страны. Эта публикация вышла в декабре 2007 года, вскоре после открытия журнала. Альбац предполагает, что запрет на въезд был инициирован кем-то из окружения президента Путина в ответ на статью.
В 2010 году статья «Рабы ОМОНа» о коррупции и злоупотреблениях в столичном МВД вызвала широкий общественный резонанс и привела к обыскам в редакции журнала. Некоторые герои материала позже отказались от своих слов, а суд обязал издание опубликовать опровержение. Весной текущего года New Times и его главреда оштрафовали за злоупотребление свободой СМИ. Также Роскомнадзор вынес первое за 9 лет предупреждение за упоминание украинского радикального движения «Правый сектор» без указания на его запрещенный статус в России. Претензии возникли в день выхода статьи о предполагаемой дочери Владимира Путина.
Издание не раз оказывалось на грани закрытия из-за нехватки средств. В редакции отмечают, что New Times практически лишен доходов от рекламы, поскольку крупные компании опасаются политического давления при сотрудничестве. В результате журнал перешел на народное финансирование, и часть материалов в электронном виде доступна только по подписке.
Согласно мнению Павла Гусева, главного редактора «Московского комсомольца» и председателя Союза журналистов Москвы, New Times публикует множество острых статей, которые затрагивают власть. Альбац связывает отказ типографии печатать очередной номер с приближающимися выборами и недовольством властей по поводу материалов, публикуемых на страницах издания. Журналист Николай Сванидзе высказал мнение о том, что это привычный способ «заткнуть рот» тем, кто не поддерживает действующую власть. Он также отметил, что трудно определить точную причину отказа типографии, но не сомневается, что давление на нее было оказано.
