В отношении Лапоты выдвинуты обвинения в злоупотреблении полномочиями при реализации коммерческого проекта «Морской старт». По информации, озвученной официальным представителем Следственного комитета России, Лапота дал указание предоставить займы аффилированным организациям на условиях, невыгодных для корпорации. Ущерб от таких действий превысил 41 миллион рублей.
Важным аспектом является то, что РКК «Энергия» занимает лидирующие позиции среди российских ракетно-космических предприятий, играя ключевую роль в развитии отечественной космонавтики.