В 1999 году Николай Шмелев взял на себя руководство Институтом Европы Российской академии наук. Заместитель директора этого института, член-корреспондент РАН Валентин Федоров, делится воспоминаниями о выдающемся ученом. К сожалению, Николай Шмелев ушел из жизни, не дожив до 78 лет: он скончался от инфаркта.
На данный момент вопрос о времени и месте его похорон остается открытым.