Летописи свидетельствуют, что 25 мая (7 июня) 1408 года обновление древнего храма произошло по «повелению» Московского великого князя Василия Дмитриевича. В работах наряду с прп. Андреем Рублевым принимал участие его «сопостник» Даниил. Согласно второму летописному сообщению 1408 года, мастера Даниил Черный и Андрей Рублев были направлены расписывать Успенский собор во Владимире: «Того же лета мая в 25 начаша подписывати церковь каменую съборную святая Богородица, иже в Владимире, повеленьем князя великаго, а мастеры Данило иконник да Андрей Рублев». Перед исполнителями стояла задача воссоздать грандиозный ансамбль фресок времён государственного деятеля Андрея Боголюбского.
Росписи 1408 года — это единственное сохранившееся и задокументированное в источниках творение преподобных Андрея Рублева и Даниила в области монументального искусства. К сожалению, рублевские фрески до нас дошли с существенными утратами. Относительно полно сохранились только сцены «Страшного Суда» и несколько изображений святых на столбах, а также часть евангельских сцен в верхних зонах храма и сцены Жития Иоанна Предтечи в алтаре.
Тем не менее, в широкой печати нередко можно встретить бездоказательные утверждения о том, что «гибель рублевских фресок» во владимирском Успенском соборе произошла якобы из-за нещадной церковной «эксплуатации здания». Искусствовед Лев Лифшиц в своих резких обвинениях заявляет, что «все рекомендации и требования реставраторов и органов охраны памятников церковные власти игнорируют. В храме круглосуточно горят свечи и лампады, служатся рядовые службы, копоть и грязь наслаиваются на стены, а на фресках после уборок появляются свежие царапины». По инициативе Лифшица, сотрудник ГТГ Левон Нерсесян подготовил коллективное письмо к Президенту России Дмитрию Медведеву, в котором озвучен вопрос гибели рублевской живописи из-за «свечной копоти»: «Мы имеем уже печальный опыт утраты стенописей гениального Андрея Рублева в действующих соборах – Успенском во Владимире и Успенском в Звенигороде. Они погибли от тривиальных вещей – сырости, сквозняков и свечной копоти…»
В то же время, искусствовед Герольд Вздорнов считает, что в гибели рублевских фресок виноваты сами реставраторы, которые использовали недостаточно апробированные технологии на памятниках всемирного наследия: «История ряда памятников искусства Древней Руси показывает, что их реставрация нередко приводит к искажению первоначального облика и даже к непоправимой порче произведения. Научная реставрация зачастую становится чисто хозяйственным предприятием, в атмосфере бесконтрольности возникают нездоровые амбициозные представления, что реставратор может всё, и никто ему не указ». Вздорнов приводит примеры из свежих реставраций, где подобные ошибки уже привели к утрате подлинности произведений.
Действительно, известно, что рублевским фрескам в Успенском соборе во Владимире был нанесён значительный ущерб из-за халатности самих реставраторов, применивших новый синтетический клей без предварительных испытаний. То, что работы по реставрации повредили росписи святого, стало известно благодаря независимой экспертизе, тогда как сами исполнители пребывали в полном удовлетворении своей работой. Многие реставраторы признают вину своих коллег, отметив, что использование жидкого стекла при предыдущей реставрации вызвало шелушение и скручивание красочного слоя.
Сравнительные фотографии фрески святого мученика Лавра, сделанные в 1918 и 2010 годах, наглядно демонстрируют, что красочный слой к 1918 году практически не пострадал «от свечной копоти», тогда как по современным данным, после реставрационного вмешательства подлинного красочного слоя осталось практически нет. Однако любители древнерусской живописи имеют возможность увидеть, как выглядели знаменитые рублевские фрески, благодаря копиям, хранящимся в Музее имени Андрея Рублева. Эти копии были выполнены художником Николаем Гусевым, одним из лучших мастеров копирования древнерусской фресковой живописи, который в 1956 году начал работать над копированием стенописи 1408 года во владимирском Успенском соборе.