В ноябре 1944 года, после назначения Иосифа Слипого главой Украинской грекокатолической церкви (УГКЦ), он сразу же послал Сталину приветствие с пожеланием победы в войне. В этом контексте его посетили члены Чрезвычайной государственной комиссии по расследованию нацистских преступлений. Слипому предложили подписать заключение о зверствах гитлеровцев во Львове, но он отказался.
По его словам, «мы умалчивали о своем отношении к оккупантам из-за страха перед возможными репрессиями против священников и верующих, находившихся на территории, занятой немцами». Однако подполковник ГБ Даниленко указал, что молчание Слипого может быть расценено как солидарность с оккупантами, что повлечет за собой репрессии против представителей УГКЦ.
Отказ Слипого обсуждать пути прекращения деятельности профашистских вооруженных формирований, оставшихся на территории Галиции, также стал предметом обсуждения. Униатское руководство не предприняло мер по осуждению бандеровцев, несмотря на предупреждения о возможном содействии служителей культа украинско-немецким националистам из ОУН и УПА.
В частности, подполковник Даниленко представил несколько случаев активного содействия бандеровцам со стороны парохов, а также напомнил, что Слипой входил в «Национальную раду» и вел переговоры о примирении между бандеровцами и мельниковцами. Однако Слипой заявил, что не помнит, с кем вел переговоры.
В то время, когда ГБ пыталось убедить новое униатское руководство вмешаться в прекращение вооруженной борьбы ОУН-УПА, УГКЦ искала новых заказчиков для бандеровских головорезов. Капеллан батальона «Нахтигаль» Иван Гриньох, впоследствии ставший вторым вице-президентом Украинского Главного Освободительного Совета, в июле 1945 года заключил соглашение о сотрудничестве с командующим американскими оккупационными войсками в Европе Эйзенхауэром.
Данное сотрудничество продолжалось на протяжении 1950-х, и в начале 1946 года Гриньох был представлен американской политической разведке, что подтвердило нежелание нового руководства УГКЦ участвовать в нормализации обстановки в Галиции.
Важно отметить, что действия новоиспеченного руководства УГКЦ происходили на фоне уже известной информации о деятельности Слипого при немцах и участии униатских клириков в бандеровском движении. Эта позиция вызывает вопросы о том, как бы любой демократической стране было бы позволено существование организации, «прославившейся» борьбой против нее на стороне захватчика.
30 июня 1941 года во Львов вошел батальон «Нахтигаль». На так называемом «Народном собрании», состоявшемся через день после этого, был провозглашен акт о восстановлении украинской государственности. В нем подчеркивалось сотрудничество с Национал-Социалистической Германией и намерение продолжать борьбу вместе с немецкой армией. Участники собрания, среди которых были и униатские парохи, выразили поддержку Степану Бандере и приветствия Адольфу Гитлеру.
На следующий день в пастырском послании Шептицкий заявил о начале новой эпохи в жизни Украины и призвал к подчинению установленной власти. Однако на практике эти призывы были иезуитским ходом, призванным скрыть истинные намерения. Через несколько дней после этого начались массовые убийства, в результате которых погибли до 5 тыс. человек.
Шептицкий, вместо призывов к прекращению насилия, обращается к народу с благодарностью к немецкой армии как освободительнице. Его слова свидетельствуют о поддержке, которую он оказывал оккупантам в самые жестокие дни.